Styczeń 1497 roku. Mnich Augustin Leyre, inkwizytor, teolog i ekspert w dziedzinie szyfrów, zostaje pilnie wysłany do Mediolanu, by nadzorować końcowy etap prac Leonardo da Vinci nad "Ostatnią Wieczerzą". Dzieje się tak na skutek serii anonimowych listów, jakie otrzymuje dwór papieża Aleksandra VI. Ktoś donosi w nich, że Da Vinci ukrył w swoim malowidle przekazy niezgodne z doktryną Kościoła. Jaką sekretną wiadomość zakodował w malowidle? I jaki jest jej związek z zaginioną przed wiekami Księgą Jana Ewangelisty?
Tajemna wieczerza przedstawia sekrety, o których wiedzieli tylko wybrani swojej epoki. Zagadkowe zabójstwa, tajne kody i ukryte przesłania składają się na kolejny doskonały religijny thriller.